Os vários territórios considerados para as vertentes de cooperação Transfronteiriça e Transnacional são constituídos, respetivamente, por subespaços transfronteiriços e macrorregiões, que beneficiarão, através da cooperação de carácter material ou imaterial, de um aumento da integração e da coesão económica e social em domínios de importância estratégica.
A cooperação na vertente Inter-regional destina-se, por seu turno, a promover sinergias entre os principais atores regionais, nacionais e comunitários da política de coesão, de forma a capitalizar as boas práticas na gestão das intervenções estruturais na Europa e, assim, incrementar a sua eficácia para a concretização das Agendas de Lisboa e Gotemburgo.