Os Planos de Cogestão das Áreas Protegidas do Algarve, nomeadamente da Reserva Natural do Sapal de Castro Marim e Vila Real de Santo António, do Parque Natural da Ria Formosa e do Parque Natural do Sudoeste Alentejano e Costa Vicentina, foram aprovados pelas respetivas Comissões de Cogestão após parecer favorável dos Conselhos Estratégicos das mencionadas áreas protegidas, nos quais a CCDR Algarve também se encontra representada. 

O Decreto-Lei n.º 116/2019, de 21 de agosto, revisto pela Lei n.º 63/2023, de 16 de novembro, e pela Declaração de Retificação n.º 1-F/2024, de 15 de janeiro, define o modelo de cogestão das áreas protegidas com o objetivo de criar uma dinâmica partilhada de valorização das áreas protegidas, tendo por base a sua sustentabilidade nas dimensões política, social, económica, ecológica, territorial e cultural e incide especificamente nos domínios da promoção, sensibilização e comunicação. Trata-se de um modelo que visa um melhor desempenho na salvaguarda dos valores naturais e culturais, através da articulação entre o Instituto da Conservação da Natureza e das Florestas, I. P., as Comissões de Coordenação e Desenvolvimento Regional (CCDR), I.P., os municípios e outras entidades públicas. As competências das CCDR, I.P. nas Comissões de Cogestão de Áreas Protegidas encontram-se estabelecidas pela Lei n.º 63/2023, de 16 de novembro, existindo na região do Algarve três áreas protegidas com Planos de Cogestão aprovados: